老鼠也是美国人基因组研究揭示了啮齿动物

大数据文摘出品

来源:nature

编译:lin

美国纽约不仅是人类聚居地,也是老鼠的 。在街头巷尾,总能看见它们一闪而过的灵巧身影。据悉,在纽约生活着约万只老鼠。

他们吃披萨,热狗,甚至吃沙拉,居住在五大区的几乎每个角落,从地铁隧道到操场的沙坑。与行为、饮食以及活动能力相关的基因变异也许会有助于城市里的老鼠们。如果无法适应,纽约市的老鼠就很难占据一席之地。

现在,它们的基因组为老鼠征服纽约等城市的能力提供了线索。据估计,纽约大约有万只老鼠。2月发表在bioRxiv上的一项研究中,遗传学家确定了数十种与饮食,行为和运动有关的基因,而这些基因可能有助于纽约老鼠的壮大。

该市哥伦比亚大学的人口遗传学家ArbelHarpak表示:“作为一个进化生物学家以及一个纽约人,我不禁对老鼠适应城市环境的方式感到惊讶。”他与纽约阿蒙克福特汉姆大学的进化生物学家JasonMunshi-South和加州旧金山州立大学的PleuniPennings共同领导了这项研究。

在寻找纽约老鼠进化标的之前,一件很重要的事情就是:抓住它们。Mushin-South的研究小组专门研究城市演化和生态学,在年至年之间,他们通过培根,花生酱和燕麦等混合物作为诱饵,从整个城市收集了近只褐鼠(Rattusnorvegicus)。

然后,研究人员对其中29只老鼠的全部基因组进行了测序(全部来自曼哈顿),并将它们与先前从中国东北农村地区(褐鼠假定的祖籍)捕捉的老鼠的基因组进行了比较。

遗传变异

接着,哈帕克(Harpak)的研究小组寻找到了包含变异的基因组区域,这些变异可能对纽约市的老鼠非常有益,以至于它们很快在本地鼠群中普及。这种进化过程(也称为选择性清除)也已经在人类中发生,例如传播可使某些人成年后能直接消化牛奶的基因变异。

基因扫描显示了包藏着鼠群中选择性清除的标记的数十种基因的清单。这里面包括与饮食,行为和活动有关的一些基因,可能潜在地反映了老鼠在大纽约生活中的挑战和喜悦。尽管人们试图推测CYP2D1(一种研究人员认为可能对植物化合物进行解*很重要的基因)可能帮助了城市老鼠得以享受羽衣甘蓝沙拉,但科学家们还无法明确这些基因组特征会怎样影响动物的生物本性。

Harpak将研究小组获取的基因名单作为未来研究的起点。例如,对老鼠进行的转基因试验也许可以解释,与新神经元生长有关的基因变化是否改变了大鼠的行为,或者研究小组确定的与碳水化合物和糖类代谢有关的其他基因是否可能会影响老鼠的饮食习惯。

哥伦比亚的进化遗传学家和神经科学家AndrésBendesky认为令人鼓舞的是研究人员发现某些基因与大脑的运作路径有关。研究人员曾假设动物可能会通过改变其神经回路而适应新的环境,但Bendesky认为尚无人证明这一点。

变化的时代和变化的地方

Harpak说他和同事们希望通过观察19世纪纽约老鼠的DNA来确定何时发生了选择性清除。他们计划从其他城市捕获老鼠,看看它们的基因组是否以与纽约市老鼠相同的方式进化。

根据最近的一项实验,马萨诸塞州剑桥市哈佛大学的进化生物学家HopiHoekstra预计,来自其他城市的老鼠的基因适应性至少会有一些差异。

大约一个月前,Hoekstra试图在其家的地下室里抓一只老鼠。这位专门研究野生啮齿动物遗传学的生物学家说:“我当时想,这只老鼠选错了房子。我抓老鼠已有25年了。”

有趣的是这位生物学家却一直没能抓住它,数周之后,她打电话给灭鼠专业人士,对方告诉她她用错了诱饵去诱捕这种剑桥的老鼠,这种老鼠更喜欢DunkinDonuts的甜甜圈和SlimJims(干香肠零食),而不是她正在用的花生酱。

灭鼠人士封了Hoekstra家的老鼠用来进入地下室的洞,而且他现在还正在收集剑桥老鼠进行DNA分析。“当把论文弄出来时,简直显而易见理所当然存在着差异。本地灭鼠专家都知道他们的不同。”Hoekstra说。

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